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南京的名称来源于明朝，民国时期重新启用并延续至今南京是中国当前仅有带“京”字的两个城市之一。 同题参见其在历史上有过许多名字。如：健康、建业、集庆、金陵、江宁。其中南京这个称呼是起源于明代。
（今天的南京城墙就是在明代修建的）
1356年朱元璋攻克了元朝在江南的重镇集庆，随后在这里建立了自己的根据地。 对照阅读12年之后的1368年朱元璋改集庆路为应天府，正式称帝建立大明并定都于此。这个应天府就是今天的南京，明初称为“京师”。
称帝之后朱元璋见时机成熟迅速组织北伐，1369年征虏大将军徐达攻克元大都，元顺帝北逃。 延伸阅读蒙古人在中原的统治宣告结束。例如
在克服中原后朱元璋曾想将都城迁回洛阳或者长安，于是派遣太子朱标前去考察。但是朱标在考察回来后不久就病死了，这给了朱元璋极大的打击，迁都一事也就搁置了下来。
朱元璋驾崩后皇太孙朱允炆继位，而此时在北方镇守边境的燕王朱棣渐渐有了篡位之心，于1399年发动靖难之役。靖难之役打了三年，最后以朱棣攻克南京得到胜利而告终，朱允炆下落不明。
篡位之后的朱棣待在京师整日惶恐不安，毕竟他爹的坟就在城外的明孝陵，这叫他死后咋去见朱元璋？而且他常年生活在北方，实在不适应南方的环境。于是他开始着手建设他曾经的藩地北平，也就是今天的北京。
经过了近20年的建设，在1421年朱棣正式迁都北平，改北平为京师顺天府，而应天府则称之为南京，南京一名由此而来。注意，有明一代南京始终都是都城之一，京师所有的政府班子南京都有，相当于陪都。
1645年清军攻克南京，满人的陪都是盛京，也就是今天的沈阳。所以将此地改称江宁，这个称呼一直持续到清末。
1911年辛亥革命爆发，1912年1月1日孙中山先生重新将江宁改回为南京，定都于此，并宣誓就职中华民国临时大总统。中华民国成立。
此后南京这一称呼被固定了下来，即便今天的南京已不是首都，但它仍旧与北京遥相呼应。
（孙中山在到达南京后立即前往明孝陵谒陵，向明太祖朱元璋宣告中国光复了）